Měřínský kostel sv.Jana Křtitele postavili mnichové třebíčského kláštera řádu sv.Benedikta po roce 1298, kdy bylo v Měříně zřízeno probošství. Měřín byl již tehdy větší obcí a v jeho okolí následně vzniklo dalších 19 vesnic. Na sklonku patnáctého století však měřínské probošství po dvou stoletích své existence zaniklo a kněží benediktini byli z Měřína vypuzeni. V okolí se poté střídali jednotliví luteránští, husitští i kalvinističtí kazatelé o jejichž působení se nám dochovaly pouze útržkovité zprávy. Z těchto se dozvídáme, že v roce 1523 v okolí působil Lutherův žák Pavel Speratus. Další záznam dokládá, že roku 1551 se v bývalém měřínském probošství usadili Bratří, kteří bezprostředně po svém příchodu odstranili posvátné obrazy, sochy a veškeré knihy, které zde probošti zanechali, a zřídili zde vlastní duchovní správu.
V roce 1621 začal na měřínsku působit jezuitský misionář Jan Drachovský a člen jezuitského řádu Jan Antali. Přesto, že společně usilovali o navrácení obyvatel ke katolické víře, zůstávala farnost tvořená obcemi Jersín, Černá, Milíkov, Meziříčko, Chlumek, Pavlínov, Nové Dvory, Pustina, Blízkov a Dědkov nadále utraqistická. Úsilí obou jmenovaných kněží tovaryšstva Ježíšova však brzy přineslo své ovoce a tito zde již 7.ledna 1626 poprvé udíleli křest. Tuto svátost v následujících dvou měsících udělili ještě patnáctkrát.
Dnem 17.března 1626 byla farnost po dlouhé době znovu obsazena katolickým farářem, jímž se stal Šimon Maxmilián Dimitio. Od tohoto roku byly na měřínské faře pečlivě vedeny matriky, které se zachovaly až do současné doby. Pro úplnost je vhodné dodat, že první obecně platnou normu pro vedení matrik stanovil již tridentský koncil v roce 1563 a jejich zavedení v našich zemích vyhlásila olomoucká synoda roku 1591. Byl to však teprve římský rituál z roku 1614, který přesněji formuloval požadavky na vedení matrik narozených, oddaných a zemřelých. Vlastní praxe ve vedení matrik byla dále upravována jednotlivými nařízeními v průběhu sedmnáctého století a v první polovině století osmnáctého.
Bližší informace o působení faráře Dimitia se nedochovaly. S určitostí lze říci pouze to, že své působení v měřínské farnosti ukončil dnem 5.března 1638. Zda v tento den zemřel či odešel do jiné farnosti však není známo.
Druhým katolickým farářem měřínské farnosti se dnem 10.července 1638 stal Jan Benedetti, který v úřadu setrval do 29.března 1642. Ani o jeho působení u této farnosti se nezachovaly žádné informace. Podle jména však lze usuzovat že patrně byl, tak jako jeho předchůdce, cizincem.
V pořadí třetím farářem zdejší farnosti se dne 10.června 1642 stal magistr filosofie Daniel Karel Bavorovský z Pingothu. V čase jeho působení vypukl ve farnosti mor který jen v období od 18. do 30.listopadu 1646 usmrtil 46 farníků. V tomto roce také dle dochovaných záznamů skončilo působení faráře Bavorovského u zdejší farnosti. Zda se stal obětí morové nákazy či odešel do jiné farnosti není známo.
Dalším, v pořadí čtvrtým farářem, se dne 30.listopadu 1654 stal Jakub Jan Tojovský z Rosic. Již následujícího roku však byl ze svého úřadu pro simonii (svatokupectví) sesazen a fara zůstala po dva roky neobsazena. Po toto období udílel svátost křtu meziříčský děkan Jakub Vavřík.
Pátým farářem měřínské farnosti se dne 5.listopadu 1657 stal Jan Jindřich Švábenský, rodák ze Švábenic na Moravě. Do Měřína přišel z Radostína a setrval zde až do roku 1666, kdy odešel jako děkan do Velkého Meziříčí.
Šestým farářem se dnem 11.prosince 1667 stal Matěj Cyril Haušperský, který do měřínské farnosti přišel z Luží v Čechách, kde působil jako farář. V Měříně setrval do roku 1688, kdy odešel jako farář do Luk.
V pořadí sedmým měřínským farářem se v roce 1690 stal loucký farář Matouš František Alaun. Tento rok byl pro zdejší farnost velmi významný, neboť odebrání několika far stávajícímu děkanství třebíčskému a velkomezeříčskému umožnilo vznik samostatného děkanství měřínského. Dobové záznamy dokládají, že v tomto roce žilo v měřínském děkanství 1826 katolíků. V roce 1698 pan farář Alaun v Měříně zemřel.
Dne 9.června 1698 se měřínským farářem, v pořadí osmým, stal Jakub Felix Pacher, rodák z Přerova, který ve svém úřadu setrval úctyhodných čtyřicet let. Do Měřína přišel z Velkého Meziříčí, kde působil jako zámecký kaplan. V tomto období byla fara v tak zuboženém stavu, že se nedala obývat. Proto si pan farář u vrchnosti vyprosil ladem ležící pozemek na konci městečka, směrem k Velkému Meziříčí. Zde si postavil domek se zahrádkou a vedle vystavěl kapličku zasvěcenou Nanebevstoupení Páně. Kaplička byla později zasvěcena sv.Janu Nepomuckému a roku 1786 na příkaz císaře Josefa zrušena a proměněna na soukromé byty. Farář a děkan Pacher nechal vystavět nad vchodem kostela druhou věž do níž umístil zvony, které dříve byly ve zvonici u vchodu na hřbitov. Za faráře Pachera byl kostel dvakrát vyloupen. Velká škoda vznikla zejména při druhé loupeži, kdy byly zcizeny ciborium, monstrance, kalichy a drahocenná roucha. Štědrostí tehdejšího hraběte Antonína Collalta však bylo zanedlouho získáno ciborium a monstrance nové. Pan hrabě navíc kostelu věnoval na hlavní oltář i velký obraz sv.Jana Křtitele, malovaný v Benátkách. Farář Pacher zemřel v Měříně 20.února 1738.
Devátým měřínským farářem a zároveň děkanem se dne 12.srpna 1738 stal magistr filosofie a bakalář teologie Václav Antonín Nosek, původem z Valašského Meziříčí. Do Měřína přišel z Bohdalova a v úřadě setrval po celých 26 let. K významným počinům faráře Noska patří zejména založení pamětní knihy, která je dosud cenným zdrojem zpráv o osudech farnosti. Dozvídáme se zde například i to, že dne 4.července 1739, po dvaadvacáté hodině, udeřil do hlavní kostelní věže dvakrát po sobě blesk, který způsobil vznik mnoha trhlin na prastaré věži i kostele samotném. Navíc blesk poškodil i kostelní lavice, střešní krytinu a usmrtil člověka, který ve věži dle tehdejšího zvyku vyzváněl proti bouři. Proto pan farář Nosek dal starou kostelní věž snést aby svoji vahou neohrožovala celou stavbu, kostel nechal zvýšit a opatřit malou dřevěnou věžičkou se zvonkem. Farář a děkan Nosek zemřel v Měříně dne 3.října 1764. Zaopatřen byl kaplanem Antonínem Vavřincem Zalejským a pochován děkanem meziříčským Františkem Schmidtem. Dle svého přání byl pochován v měřínském kostele v kapli před oltářem P.Marie, který dal svým nákladem zbudovat. Náhrobní nápis zhotovil brtnický rodák a jeho blízký přítel Tecelín Vetchý, klášterník ze Žďáru.
Desátým farářem a třetím měřínským děkanem se dne 5.října 1764 stal magistr filosofie a bakalář teologie Bernard Hriesz, rodák z Nové Říše. Do Měřína přišel z Heraltic. Jeho zdraví však bylo chatrné a zdejší fary užíval pouze 17 měsíců. Přesto pořídil nový obraz na hlavní oltář a položil základy ke stavbě nové sakristie. Pan farář Hriesz skonal v Měříně, dne 24.února 1766.
Jedenáctým měřínským farářem a čtvrtým děkanem se stal dne 13.března 1766 magistr filosofie, bakalář teologie a assesor biskupské konsistoře Antonín Vavřinec Zalejský, narozený 15.ledna 1729 v Oslavanech. Do zdejší farnosti přišel z Opatova, kde působil jako farář. V Měříně setrval celých 44 let a po celou tuto dobu pokračoval v záznamech děkana Noska. V roce 1766 nechal opravit velkou kostelní věž, pozlatit kříž a báni a střechu natřít červenou barvou. Zanedlouho po dokončení oprav, 29.července 1766, však propukl v Měříně veliký požár kterému padla za oběť nejen značná část městečka, ale také obě kostelní věže, 5 zvonů, cínové píšťaly a fara s hospodářskými staveními. Velmi těžce pan děkan nesl především ztrátu vzácného starožitného zvonu, vážícího 4,5 tuny. Proto uzavřel 25.září 1768 smlouvu se znojemským zvonařem Janem Scheichlem na ulití čtyř zvonů nových. Dne 30.ledna 1769 byly dokončené zvony přivezeny farníky do Měřína a 31.ledna byl velký zvon za zvuků trub a bubnů vytažen na věž. Zbylé tři zvony byly vytaženy 1.února. Zvonaři byla za zhotovení zvonů vyplacena částka 954 zlatých 40 krejcarů. Téhož roku byla tesařským mistrem Matějem Kabelkou z Rudolce zbudována nad presbytářem věžička, kterou za 26 zlatých dne 20.června 1769 zvonař Scheichel opatřil zvonkem, zasvěceným Bohu svátostnému.
V roce 1770 čítal měřínský děkanát 73 obcí v nichž žilo 15160 katolických farníků. Duchovní správu v děkanátu zajišťovalo šest farářů a jeden sídelní kaplan. Tohoto roku však dolehla na zdejší kraj neúroda a následujícího roku i morová nákaza. Jak dokládají dobové záznamy, pouze v období od 29.listopadu 1771 do 29.srpna 1772 zaopatřoval pan farář spolu s kaplany 782 farníků. Morová nákaza byla nejintenzivnější v měsících březen, duben a květen, kdy zdejším kněžím museli vypomáhat i jihlavští Minorité. Pouze v březnu 1772 bylo ve farnosti vypraveno 56 pohřbů a za celé období trvání morové epidemie jich bylo rovných 289. Obětí moru se zde však stali i dva kaplani. Prvním zesnulým byl dne 16.prosince 1771 pan kaplan Jan Hebelt ze sv.Kopečka u Olomouce, který působil v měřínské farnosti od 18.března 1768. Skonal ve věku 33 let. Na jeho uvolněné místo nastoupil dne 10.ledna 1772 kaplan František Eber z Třebíče, avšak i on se stal dne 8.února 1772 obětí moru. Druhý kaplan, Václav Antonín Schenk, působící v měřínské farnosti od 30.dubna 1769, morovou nákazu přečkal. Nicméně o osm let později se touto nemocí nakazil při zaopatřování vojáků, jichž zde v říjnu a listopadu 1779 padesát zemřelo. Kaplan Schenk skonal v Měříně dne 4.listopadu1779. Pan děkan Zalejský zemřel dne 30.dubna 1810 a je pochován ve zdejším kostele pod kazatelnou.
Dne 9.července 1810 se dvanáctým měřínským farářem stal Leopold Taude, narozený 26.února 1760 v Budkově. Do Měřína přišel ze Zhoře, kde působil jako lokalista. Krátce po jeho nástupu do úřadu vypuknul, dne 22.června 1810, v Měříně veliký požár, kterému padlo za oběť celé městečko včetně kostela, fary a předčasem pořízených zvonů. Při následné opravě poničeného kostela nechal pan farář Taude odstranit oratoria a dal zhotovit železnou bránu pod věží. A zanedlouho, v roce 1814, byly pro měřínský kostel ulity i nové zvony. Nové zvony o váze 121 centů 25 liber, 10 centů, a 5 centů 20 liber, jakož i zvonek na malou vížku, zhotovil brněnský zvonař Klement Stecher za 1162 zlatých. Pan Farář Taude působil v Měříně celých 35 let. Poté odešel na penzi do sv.Hyppolita v Rakousku, kde v roce 1845, v den svých pětaosmdesátých narozenin, zemřel.
V pořadí třináctým farářem měřínské farnosti se v roce 1845 stal Antonín Benešek, narozený 13.června 1790 v Příboře. Do Měřína přišel ze Zhoře, kde působil jako kaplan. V Měříně setrval do 4.října 1848, kdy odešel jako farář do Brtnice, kde také později, v roce 1853, zemřel.
Čtrnáctým měřínským farářem se dne 4.prosince 1848 stal Josef Italy, narozený 7.února 1807 ve Velkém Meziříčí. Před svým příchodem do Měřína působil jako kaplan v Brtnici, poté jako lokalista ve Zhoři a Kněžicích. V Měříně působil do 12.září 1853, kdy odešel jako farář do Brtnice.
Krátce poté, dne 14.listopadu 1853, se v pořadí patnáctým farářem měřínské farnosti stal Jan Chrysosten Vaněk, narozený 25.ledna 1808 v Ostrově u Macochy. V čase jeho pastýřského působení byl postaven nový vchod na kůr, byla zvýšena věž, postaveno oratorium a po stranách starobylého románského portálu byly vybudovány dva vedlejší vchody. Ve svém úřadu setrval pan farář Vaněk až do svého skonu dne 21.června 1867. Místem jeho posledního odpočinku se stal hřbitov v Měříně. O nevšední šlechetností tohoto pana faráře a jeho vztahu k místní farnosti svědčí mimo jiné i to, že značnou část svého nastřádaného jmění odkázal kostelu a chudým.
Šestnáctým měřínským farářem se dne 10.listopadu 1867 stal Dominik Elgart, narozený 1.srpna 1809 v Ivančicích. K měřínské farnosti přišel z Opatova. V roce 1869 zbudoval ve zdejším kostele nový hlavní oltář, křtitelnici, oltář sv. Cyrila a Metoděje a Boží hrob. V měřínské farnosti působil až do svého skonu dne 31.března 1872. Pochován je na hřbitově v Měříně.
Následujícím, v pořadí již sedmnáctým, farářem zdejší farnosti se v červenci 1872 stal Josef Schwartz, narozený roku 1810 v Jihlavě. K měřínské farnosti přišel z Bohdalova. V úřadě však setrval velmi krátce a dne 15.srpna téhož roku zemřel.
Dnem 13.ledna 1873 byl do úřadu osmnáctého faráře v Měříně uveden František Kubíček, narozený 6.února 1813 v Holíči v Uhrách. K měřínské farnosti přišel z Opatova a na zdejší faře působil až do svého skonu dne 20.března 1893. Pochován je na hřbitově v Měříně.
V pořadí devatenáctým farářem v měřínské farnosti se dne 21.července 1893 stal Jan Vaněk, narozený 29.října 1845 v nedaleké Černé. Vysvěcen na kněze byl v roce 1874. K měřínské farnosti přišel z Kněžic. V době jeho nástupu do úřadu, roce 1893, čítalo měřínské děkanství 5 městysů a 62 vesnických osad, ve kterých žilo 23009 katolíků, 107 nekatolíků a 55 židů. Děkanem byl v tomto období Jan Novotný, farář v Radostíně, a místoděkanem František Míča, farář ve Zhoři. Obyvatelé děkanství se živili převážně rolnictvím. Samotná měřínská farnost čítala 10 přifařených obcí a 4 osamělé usedlosti, kde žilo celkem 4374 katolíků, 2 nekatolíci a 5 židů. V roce 1905 nechal pan farář Vaněk oplechovat malou báni kostelní věže měděným plechem. V Měříně působil do 18.května 1908, kdy raněn mrtvicí zemřel. Pochován je na hřbitově v Měříně.
Dne 22.srpna 1908 se dvacátým měřínským farářem stal Ignác Vyškovský, narozený 6.července 1860 v Třebíči. Vysvěcen na kněze byl v roce 1883. K měřínské farnosti přišel z Opatova. Měřínská fara byla tehdy krytá šindelem a čítala celkem osm místností. K faře náležely dvě zahrady, jedna k pěstování ovoce a druhá k pěstování zeleniny. Pan farář Vyškovský působil ve zdejší farnosti do 1.března 1910, kdy odešel do Brtnice, kde 11.června 1927 zemřel.
Dalším z měřínských farářů, v pořadí jednadvacátým, se dne 22.května 1910 stal Jan Křtitel Babor, narozený 4.října 1862 v Heralticích. Vysvěcen na kněze byl v roce 1885. K měřínské farnosti přišel z Kněžic, kde byl po sedmnáct let farářem. V Měříně působil do 16.ledna 1916, kdy odešel do rodných Heraltic, kde také dne 14.února 1932 zemřel.
Dvaadvacátým měřínským farářem se dne 29.dubna 1916 stal František Čermák , nrozený 20.listopadu 1881 v nedalekém Jamném. Vystudoval gymnázium v Havlíčkově Brodě a poté teologii v Brně, kde byl v roce 1904 vysvěcen na kněze. V měřínské farnosti působil již dříve, a to jako kaplan, v období od 1.prosince 1910 do 16.ledna 1911, a dále působil jako kaplan v Jinošově, Želetavě a v Brtnici. V roce 1921 nechal pan farář Čermák pokrýt kostelní věž měděným plechem. Později, v roce 1940 byl jmenován měřínským děkanem, v pořadí osmým, a v roce 1944 se stal jihlavským arciknězem. V měřínské farnosti setrval do 13.března 1949, kdy odešel do Brna jako sídelní kanovník katedrální kapituly. Zemřel dne 19.dubna 1974 v požehnaném věku 93 let a následně byl pohřben do rodinného hrobu v Měříně.
V roce 1949 bylo po 259 letech své existence měřínské děkanství zrušeno a měřínská farnost se stala součástí děkanství velkomezeříčského. K tomuto připadly i ostatní fary zrušeného měřínského děkanství jež se nacházely v okrese Velké Meziříčí, zatímco z ostatních farností, nacházejících se na území okresu Třebíč, bylo nově vytvořeno děkanství přibyslavické.
Dne 4.října 1949 se třiadvacátým farářem měřínské farnosti stal Josef Votava, narozený 29.ledna 1910 v Brtnici. Vystudoval gymnázium v Brně a posléze zde absolvoval i studium bohosloví. Vysvěcen na kněze byl dne 5.července 1935. U měřínské farnosti působil již dříve, a to jako kaplan, v období mezi 1.říjnem 1935 a 28.únorem 1936. Dále působil jako kaplan v Pozořicích u Brna a později jako farář v Sulíkově a v Bohdalově. V měřínské farnosti setrval do roku 1957, kdy byl zatčen a po krátkém pobytu ve vyšetřovací vazbě byl ustanoven farářem v Heralticích. Posléze působil jako farář v Kamenici, kde 1.dubna 1993 zemřel.
Čtyřiadvacátým měřínským farářem se dne 1.října 1957 stal Jindřich Štěpánek, narozený 7.července 1920 v Lavičkách. Vystudoval gymnázium ve Velkém Meziříčí a teologii v Brně. Vysvěcen na kněze byl v roce 1946. Působil jako kaplan v Modřicích, Neslovicích, Nových Sadech, Rantířově a Děsné, a poté jako farář v Kostelní Myslové, odkud odešel k měřínské farnosti. Přesto, že v Měříně setrval poměrně krátce, provedl opravu střechy kostela a věže, v zahradě zřídil studnu a do fary zavedl vodovod. V měřínské farnosti působil do 17.března 1959, kdy odešel do Kunštátu. Zemřel dne 9.listopadu 1968.
18.března 1959 se v pořadí pětadvacátým a zároveň současným měřínským farářem stal František Hrůza, narozený 25.února 1923 v Jaroměřicích nad Rokytnou. Vystudoval gymnázium v Moravských Budějovicích a bohosloví v Brně, kde také byl 16.dubna 1950 vysvěcen na kněze. Po vysvěcení působil na faře v Roudnici nad Labem a poté v Jemnici. František Hrůza působí v měřínské farnosti již 49 let a za tu dobu provedl nejrozsáhlejší opravy kostela, fary a jejich okolí v celé dosavadní historii. Dne 5.dubna 2000 byl ustanoven kaplanem Jeho Svatosti s právem nosit titul Monsignore.
